La complessità dell'opera di Paul si riflette nell'architettura del Zentrum. Il museo è parte integrante delle colline e si fonde con il paesaggio della campagna fuori Berna. La curvatura della struttura crea tre colline artificiali che ospitano lo spazio espositivo, una sala concerti, un centro congressi, un istituto per lo studio, la ricerca e la promozione del lavoro di Klee, nonchè un museo interattivo per bambini.