Il Centro Botìn era inteso fin dall'inizio come un luogo di cultura per la città, dove andavano a convivere funzioni diverse, non solo espositive ma anche educative e didattiche. Le diverse destinazioni d'uso si articolano in due volumi separati, l'ala ovest dedicata alla funzione espositiva, l'ala est ospita l'audtorium, spazi multifunzionali e per la didattica. I due volumi sono connessi da una serie di passerelle, che formano anche una piazza a 7 m. di altezza, in acciaio e vetro serigrafato. La scelta di questo materiale rende visibile il movimento delle persone, che traduce il carattere sociale dell'edificio, inteso come luogo di incontro.

La progettazione dell'edificio ha comportato anche una serie di interventi nelle aree adiacenti: la grande strada di scorrimento che separava la città dal mare è stata interrata, in questo modo i Jardines de Pereda, molto amati dalla cittadinanza, sono stati ampliati, raddoppiando la superficie, fino a raggiungere la laguna e il sito del Centro, in questo modo la città ha recuperato un affaccio sul mare e sul suo porto. Per garantire che dai giardini si potesse continuare a godere della vista della laguna, i corpi dell'edificio sono stati portati all'altezza dell'impalcatura degli alberi. Questa soluzione crea inoltre uno spazio libero alla base dell'edificio che diventa un luogo di socializzazione.

La luce e l'acqua sono stati elementi molto importanti che entrano in rapporto con l'edificio sia all'esterno, riflettendosi sul rivestimento ceramico, sia all'interno grazie alle facciate sud e nord, completamente vetrate, e all'illuminazione zenitale delle gallerie espositive.